Dot-Plot

Dot-Plot
Ein DNA-Dotplot des menschlichen Zink-Finger Transkriptionsfaktors (GenBank ID NM_002383) zeigt regionale Selbst-Ähnlichkeiten.

Ein Dotplot (dt. Punktauftragung) ist eine graphische Methode der Bioinformatik zwei biologische Sequenzen miteinander (oder eine Sequenz mit sich selbst) zu vergleichen. Dabei werden die Sequenzen auf die horizontale und vertikale Achse (oben und links) aufgetragen und Übereinstimmungen zwischen einer Zeile und Spalte an der entsprechenden Schnittstelle durch einen Punkt (engl. dot) markiert.

Der Dotplot dient der Auffindung von ähnlichen bzw. übereinstimmenden Regionen.

Interpretation

Auf dem Bild rechts ist eine DNA-Sequenz mit sich selbst verglichen worden. Neben der zu erwartenden, vollständigen Übereinstimmung der Sequenz, erkennbar durch die Diagonale (links oben nach rechts unten), ergeben sich noch weitere, regionale Ähnlichkeiten.

Eine Unterbrechung der Diagonalen mit nach unten oder rechts verschobener Fortsetzung würde Insertionen (z.B. Introns) bzw. Deletionen aufzeigen (hier nicht der Fall). Linien außerhalb der Hauptdiagonalen stehen für ähnliche oder repetitive Einheiten.

Siehe auch

Weblinks


Wikimedia Foundation.

Игры ⚽ Поможем написать курсовую

Schlagen Sie auch in anderen Wörterbüchern nach:

  • Dot plot — may refer to: Dot plot (bioinformatics), for comparing two sequences Dot plot (statistics), data points on a simple scale This disambiguation page lists articles associated with the same title. If an internal link …   Wikipedia

  • Dot plot (bioinformatics) — This article is about the biological sequences comparison plot. For the statistical plot, see Dot plot (statistics). A dot plot (a.k.a. contact plot or residue contact map) is a graphical method that allows the comparison of two biological… …   Wikipedia

  • Dot plot (statistics) — A dot chart or dot plot is a statistical chart consisting of data points plotted on a simple scale, typically using filled in circles. There are two common, yet very different, versions of the dot chart. The first is described by Wilkinson as a… …   Wikipedia

  • Dot plot — Ein DNA Dotplot des menschlichen Zink Finger Transkriptionsfaktors (GenBank ID NM 002383) zeigt regionale Selbst Ähnlichkeiten. Ein Dotplot (dt. Punktauftragung) ist eine graphische Methode der Bioinformatik zwei biologische Sequenzen miteinander …   Deutsch Wikipedia

  • Plot (graphics) — Scatterplot of the eruption interval for Old Faithful (a geyser). A plot is a graphical technique for representing a data set, usually as a graph showing the relationship between two or more variables. The plot can be drawn by hand or by a… …   Wikipedia

  • Dot Branning — EastEnders character Portrayed by June Brown Tallulah Pitt Brown (flashback) Created by Julia Smith and Tony Holland …   Wikipedia

  • Dot and the Kangaroo —   …   Wikipedia

  • Dot and the Whale — Directed by Yoram Gross Written by John Palmer (screenplay) Music by Bob Young Release date(s) …   Wikipedia

  • dot the i — Directed by Matthew Parkhill Produced by George Duffield Meg Thomson …   Wikipedia

  • Dot Goes to Hollywood — Directed by Yoram Gross Written by John Palmer Starring Robyn Moore Keith Scott Music by Guy Gross …   Wikipedia

Share the article and excerpts

Direct link
… Do a right-click on the link above
and select “Copy Link”