Protein-Sequenzierung

Der Edman-Abbau ist eine von Pehr Edman entwickelte Methode zur Sequenzierung von Aminosäuren in einer Peptid-Kette durch wiederholte Endgruppen-Bestimmung.^[1] Die Peptidkette wird dabei schrittweise abgebaut.

Durch Zugabe von Phenylisothiocyanat (PITC) in basischem Milieu wird die N-terminale Aminosäure (AS) des Peptids markiert. Nach Herstellung eines sauren Milieus wird die Peptidbindung hinter dieser PTC-markierten N-terminalen Aminosäure gespalten. Das Produkt ist eine Phenylthiohydantoin-Aminosäure (PTH-AS) und das Restpeptid. Dieser Abspaltungszyklus lässt sich nun mit dem Restpeptid mehrfach wiederholen. Mittels Chromatografie lassen sich nun die PTH-AS und somit die AS-Sequenz bestimmen.

Allerdings sind nach 30–40 Zyklen weitere Zyklen unmöglich, da Verunreinigungen – z. B. Reste von PTH-AS – die Lösung so verunreinigt, dass nicht mehr nachvollziehbar ist, welche PTH-AS in diesem Zyklus abgespalten wurde oder welche von vorherigen Zyklen noch über sind. Dadurch ist die Sequenzierung nicht mehr sauber durchzuführen. Diesen Nachteil kann man umgehen, indem man die Peptid-Kette in mehrere sich überschneidende Teilketten zerlegt, bevor man mit der Sequenzierung beginnt.

Mechanismus

Edman-Abbau am Beispiel eines Peptids.

Einzelnachweise

1. ↑ Edman, P. (1949): A method for the determination of amino acid sequence in peptides. In: Arch. Biochem. Bd. 22, S. 475. PMID 18134557