Riboschalter

Riboswitches sind RNA-Elemente in den untranslatierten Regionen der mRNA, die niedermolekulare Metabolite binden und daraufhin die Genexpression regulieren.

Sie können die Transkription oder Translation der eigenen mRNA regulieren. Regulatorproteine sind in diesem Fall also nicht nötig. Mehr als 2% aller bakteriellen Gene werden durch Riboswitches erkannt.

Die RNA bildet eine Sekundär- und Tertiärstruktur aus und erkennt damit Metabolite (beispielsweise Guanin, Adenin, L-Lysin). Die Erkennung der Liganden erfolgt sehr präzise über die Erkennung von Ladungen, funktionellen Gruppen und den stereochemischen Eigenschaften. Um diese zu erkennen gibt es spezielle Taschen, die unter anderem durch Stacking und Schleifen gebildet werden. Wenn der Ligand bindet, so kommt es bei fast allen Riboswitches zu einer Konformationsänderung in der RNA. Dadurch kann die ribosomale Bindungsstelle (Shine-Dalgarno-Sequenz) im Inneren des RNA-Moleküls verborgen werden, wodurch es nicht zum Start der Translation kommt. Durch die Konformationsänderung kann es auch zur Bildung einer Haarnadelstruktur kommen, wodurch die Transkription abgebrochen wird. Beim GlmS-Riboswitch erfolgt die Regulation der Transkription durch Spaltung der mRNA nach Bindung des Liganden.

Literatur

• Sashital, D.G. & Butcher, S.E. (2006): Flipping off the riboswitch: RNA structures that control gene expression. In: ACS Chem. Biol. Bd. 1, S. 341-345. PMID 17163768 doi:10.1021/cb6002465