Nitrogenase

Nitrogenase
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Bezeichner
Gen-Name(n)	nif, anf, vnf
Enzymklassifikation
EC, Kategorie	1.18.6.1  Oxidoreduktase
Substrat	8 Ferredoxinred. + 8 H+ + N2 + 16 ATP + 16 H2O
Produkte	8 Ferredoxinox. + H2 + 2 NH3 + 16 ADP + 16 Phosphat
Vorkommen
Übergeordnetes Taxon	Bakterien, Archaeen

Nitrogenase ist ein Enzymkomplex, der in der Lage ist, elementaren, molekularen Stickstoff (N₂) zu reduzieren und damit in eine biologisch verfügbare Form umzuwandeln. Diesen Vorgang bezeichnet man als Stickstofffixierung. Nitrogenasen sind bei verschiedenen Bakterien und einigen Archaeen vorhanden. Stickstofffixierende Aktinomyceten sind ebenso bekannt wie Cyanobakterien (zum Beispiel Anabaena) und Proteobakterien (zum Beispiel Azotobacter).

Struktur und Eigenschaften

FeMoCo: Eisen-Molybdän-Cofaktor in der Dinitrogenase, gebunden an Homocitrat. Das zentrale Atom ist nach neueren Erkenntnissen wahrscheinlich nicht Stickstoff, sondern Kohlenstoff.

Der Enzymkomplex besteht aus zwei Proteinen, der Dinitrogenase (Heterotetramer α₂β₂) und der Dinitrogenase-Reduktase (Homodimer). Die Reaktion findet in der Dinitrogenase statt, die Reduktase überträgt die Elektronen, die sie von Ferredoxin erhält, mittels eines [4Fe-4S]-Eisen-Schwefel-Cluster. Das aktive Zentrum der Dinitrogenase besteht aus einem weiteren [8Fe-7S]-Eisen-Schwefel-Cluster, sowie dem Eisen-Schwefel-Molybdän-Cofaktor (FeMoCo). Lange Zeit war die Identität des zentralen Atoms des FeMoCo-Faktors unklar. Sowohl eine Kohlenstoff-, Sauerstoff- oder Stickstoffatom waren plausible Kandidaten. Durch X-Ray Emission Spectroscopy konnte kürzlich gezeigt werden, dass es sich vermutlich um ein Kohlenstoffatom handelt. ^[1] Einige Bakterien sind in der Lage, bei Molybdänmangel alternative Cofaktoren herzustellen, die statt Molybdän Vanadium oder nur Eisen enthalten.^[2][3][4][5]

Die Nitrogenase der meisten Bakterien ist wie alle Enzyme mit Eisen-Schwefel-Cluster extrem sauerstoffempfindlich. Um das Enzym gegen Sauerstoff zu schützen, haben Bakterien verschiedene Anpassungen entwickelt, etwa dicke Schleimkapseln oder besonders dickwandige Zellen. Bakterien, die oxygene Photosynthese betreiben, trennen stickstofffixierende Zellen (Heterozysten) räumlich von Sauerstoff freisetzenden Zellen oder sie assimilieren Stickstoff nur nachts, wenn die Lichtreaktion der Photosynthese ruht. Einige Bakterien können Stickstoff nur in Symbiose fixieren, zum Beispiel Rhizobien (Knöllchenbakterien), die mit Pflanzen (oft Leguminosen) zusammenleben. Da die Pflanzen selbst nicht in der Lage sind, elementaren, molekularen Stickstoff zu fixieren, sind sie auf das Produkt der bakteriellen Nitrogenase mit angewiesen. Das gebildete Ammoniak ist Ausgangsstoff für die Bildung von Glutaminsäure und Glutamin.

Streptomyces thermoautotrophicus, ein thermophiles Bakterium, das aus Kohlenmeilern isoliert wurde, besitzt eine ungewöhnliche, sauerstoffunempfindliche Nitrogenase.

Katalysierte Reaktion

Da N₂ ein sehr stabiles und inertes Molekül ist (die Bindungsenergie beträgt 945 kJ/mol), wird eine große Menge an Energie in Form von ATP benötigt, um die Dreifachbindung zwischen den beiden Stickstoff-Atomen zu spalten. Als Produkt dieser Reaktion entsteht Ammoniak.

Die Summengleichung der durch Nitrogenase katalysierten Reaktion lautet:

$\mathrm{ N_2 + 8\ H^+ + 8\ e^- + 16\ ATP + 16\ H_2O \longrightarrow 2\ NH_3 + H_2 + 16\ ADP + 16\ H_3PO_4}$

Die Aktivität der Nitrogenase ist nicht auf Stickstoff beschränkt, das Enzym reduziert auch andere Dreifachbindungen, zum Beispiel die von Ethin, Cyanid, Aziden oder Stickstoffoxiden. Unter natürlichen Bedingungen hat diese Eigenschaft vermutlich keine Bedeutung. Die Reduktion von Ethin zu Ethen wird jedoch genutzt, um Nitrogenase experimentell nachzuweisen.

Regulation

Der gesamte Prozess der biologischen Stickstofffixierung ist relativ komplex und erfordert das Zusammenwirken mehrerer Enzyme, von denen die Nitrogenase das wichtigste ist. Die Gene dieser Enzyme unterliegen einer strengen Regulation. Ihre Transkription wird zum Beispiel durch Sauerstoff und Stickstoffverbindungen wie Nitrat und einige Aminosäuren abgeschaltet. Die Abschaltung durch Stickstoffverbindungen ist vorteilhaft, weil die Nutzung von Stickstoff aus diesen Quellen wesentlich weniger Energie verbraucht.

Die Nitrogenase-Aktivität wird bei Klebsiella pneumoniae über das nifLA-Operon auf transkriptionaler Ebene reguliert. Das Protein NifL ist dabei ein Sensor für O₂, NifA ist unter anderem ein transkriptionaler Aktivator für das nifHDKY-Operon, welches die strukturellen Elemente der Nitrogenase codiert. Ist das Bakterium Sauerstoff ausgesetzt, bilden NifL und NifA ein Heterodimer, NifA kann in Folge die Aktivatorfunktion nicht ausüben, Nitrogenase wird nicht exprimiert. Dieser Effekt ist sinnvoll, da Nitrogenase durch O₂ inhibiert werden würde und eine Expression bei Anwesenheit von O₂ reine Energieverschwendung wäre.^[6] Die Expression der Gene nifL und nifA selbst wird von NtrC gestartet. Dieser Faktor signalisiert den Bedarf, Stickstoff zu fixieren.^[7]

Siehe auch

• Stickstofffixierung
• Rhizobien

Einzelnachweise

1. ↑ K. Lancaster, M. Römelt, P. Ettenhuber, Y. Hu, M. W. Ribbe, F. Neese, U. Bergmann, S. DeBeer: X-Ray Emission Spectroscopy Evidences a Central Carbon in the Nitrogenase Iron-Molybdenum Cofactor. In: Science, 2011, in press. http://www.mpibac.mpg.de/bac/index_en.php
2. ↑ Swiss Institute of Bioinformatics (SIB): PROSITE documentation PDOC00085. Abgerufen am 20. September 2011 (englisch). 
3. ↑ Swiss Institute of Bioinformatics (SIB): PROSITE documentation PDOC00580. Abgerufen am 20. September 2011 (englisch). 
4. ↑ R. N. Pau, M. E. Eldridge, D. J. Lowe, L. A. Mitchenall, R. R. Eady: Molybdenum-independent nitrogenases of Azotobacter vinelandii: a functional species of alternative nitrogenase-3 isolated from a molybdenum-tolerant strain contains an iron-molybdenum cofactor. In: Biochem. J.. 293 ( Pt 1), Juli 1993, S. 101–7. PMID 8392330. Volltext bei PMC: 1134325.
5. ↑ A. N. Glazer, K. J. Kechris: Conserved amino acid sequence features in the alpha subunits of MoFe, VFe, and FeFe nitrogenases. In: PLoS ONE. 4, Nr. 7, 2009, S. e6136. doi:10.1371/journal.pone.0006136. PMID 19578539. Volltext bei PMC: 2700964.
6. ↑ The use of cloned nif (Nitrogen fixation) DNA to investigate transcriptional regulation of nif expression in Klebsiella pneumoniae
7. ↑ Positive control and autogenous regulation of the nifLA promoter in Klebsiella pneumoniae