Peak Counting Score

Der Peak Counting Score (Abk. PCS) ist ein Wert, der die Ähnlichkeit zweier Massenspektren angibt. Der PCS hängt von der Anzahl gemeinsamer und unterschiedlicher Spitzenwerte (Peaks) in beiden Spektren ab. Der Wert ist eine sehr einfache Möglichkeit, zwei Massenspektren miteinander zu vergleichen.

Berechnung

Gegeben seien:

• SA : Das Massenspektrum A als Peakliste
• SB : Das Massenspektrum B als Peakliste
• δ : Ein Schwellwert, der Angibt, ab wann 2 Peaks als ähnlich gelten sollen
• ε : Der leere Peak ( Falls ein Peak nur in einem Spektrum vorkommt, steht ε für die Stelle im anderen Spektrum )

$pcs(S_{A},S_{B}) = \sum_{\rm i\,\ddot ahnlich\,j} score(i,j) + \sum_\text{i nicht in B} score(i,{\rm\varepsilon}) + \sum_\text{j nicht in A} score({\rm\varepsilon},j)$

$score(i,j) =\begin{cases} 1, & \text{wenn } \left| masse(i) - masse(j) \right| \leq {\rm\delta}\\ 0, & \text{sonst} \end{cases}$

score(i,ε) = score(ε,j) = 0

Beispiel

• SA = { 10,20,30,50 }
• SB = { 22,30,45,53 }
• δ = 4

Das Alignment wäre in diesem Fall:

Peakliste A	10	20	30	ε	50
Peakliste B	ε	22	30	45	53

Die einträge 20 und 22 bzw. 50 und 53 werden als Treffer (Match) eingestuft, da ihre Differenz |20-22| = 2 bzw. |50 - 53| = 3 kleiner als δ = 4 ist.

Der PCS wäre demnach hier: $\begin{align} pcs(S_{A},S_{B}) & = score(10,{\rm\varepsilon}) + score(20,22) + score(30,30) + score({\rm\varepsilon},45) + score(50,53) \\ & = 0 + 1 + 1 + 0 + 1 \\ & = 3 \end{align}$

Weblinks

• Fachartikel zum Thema Informatische Methoden zur Protein-Identifikation
• Folien zum Thema (PDF-Datei; 373 kB)