Gene Ontology

Gene Ontology (GO) ist eine internationale Bioinformatik-Initiative zur Vereinheitlichung eines Teils des Vokabulars der Biowissenschaften. Resultat ist die gleichnamige Ontologie-Datenbank, die inzwischen weltweit von vielen biologischen Datenbanken verwendet und ständig weiterentwickelt wird. Weitere Bemühungen sind die Zuordnung von GO-Termini (Annotation) zu einzelnen Genen und ihren Proteinen, sowie die Bereitstellung entsprechender Software zur Verwendung der Ontologie.

Die an GO teilnehmenden Institutionen sind in der Mehrzahl US-amerikanisch und werden von den Regierungen und einem Unternehmen (AstraZeneca) unterstützt.^[1]. GO ist primär in Englisch und spezies-neutral gehalten und steht zur freien Verfügung. Sie ist Teil eines größeren Projekts, der Open Biomedical Ontologies.

Datenbank und Termini

GO ist eine biomedizinische Ontologie, die drei Bereiche abdeckt: "Zelluläre Komponente", "Biologischer Prozess" und "Molekulare Funktion". Jeder Terminus besteht aus einem Namen, einer Nummer und assoziierten Daten. Die Ontologie hat die Topologie eines gerichteten azyklischen Graphen.

Beispiel

id: GO:0000016
name: lactase activity
namespace: molecular_function
def: "Catalysis of the reaction: lactose + H2O = D-glucose + D-galactose." [EC:3.2.1.108]
synonym: "lactase-phlorizin hydrolase activity" BROAD [EC:3.2.1.108]
synonym: "lactose galactohydrolase activity" EXACT [EC:3.2.1.108]
xref: EC:3.2.1.108
xref: MetaCyc:LACTASE-RXN
xref: Reactome:20536
is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds

Datenquelle: ^[2]

Tools

Die wichtigsten Hilfsmittel zur Arbeit mit GO sind der Ontologieeditor OBO-edit und der Browser AmiGO, der als Webseite zur Verfügung steht.

Siehe auch

• GoPubMed

Einzelnachweise

1. ↑ GO: Funding
2. ↑ The GO Consortium (16. März 2009): gene_ontology.1_2.obo (OBO 1.2 flat file). Abgerufen am 16. März 2009.

Weblinks

• Gene Ontology Consortium
• AmiGO browser
• GONUTS Wiki — Third party GO-Term Dokumentation
• OBO Foundry library
• Semantic Systems Biology