Jmol

Jmol
Jmol
Entwickler Jmol Development Team
Aktuelle Version 12.01 (30. Juli 2010)
Betriebssystem Plattformübergreifend
Kategorie Molekulardesign
Lizenz LGPL
Deutschsprachig ja
http://www.jmol.org/ und http://wiki.jmol.org/
ein Molekül aus der PDB, dargestellt in Jmol

Jmol ist ein Programm zur räumlichen Darstellung von Molekülen. Es steht unter der LGPL und wird aktiv entwickelt. Da es in Java programmiert wurde, ist es weitgehend plattformunabhängig. Ein Java-Applet[1] von Jmol findet bei der Darstellung von Molekülen im Webbrowser Verwendung, beispielsweise innerhalb der Protein Data Bank[2], aber auch auf vielen anderen renommierten Seiten[3]. Das Applet wurde auch für den Gebrauch in Wikis angepasst und die Einbindung in die Wikipedia und andere Schwesterprojekte ist geplant[4]. Mit Jmol lassen sich lediglich Moleküle, etc. ansehen, aber nicht erstellen, wie das beispielsweise in Ghemical der Fall ist.

Die Software bietet verschiedene Darstellungsmöglichkeiten, wie Stab-, Kugel-Stab-, und Kalottenmodell, Punktwolke und Van-der-Waals-Oberfläche. Vieles kann in Jmol mit der Maus gesteuert werden, beispielsweise lassen sich die Molekülen und um alle Raumachsen drehen und in der Größe verändern. Außerdem kann man Atomabstände und Winkel[5] vermessen. Darüber hinaus verfügt Jmol über eine eigene Scriptsprache. In Jmol lassen sich Moleküle so darstellen, dass sie mit einer 3D-Brille[6] betrachten werden können, auch lassen sich Moleküldaten aus unterschiedlichsten Quellen darstellen. Ergebnisse aus Röntgenstrukturanalysen werden ebenso akzeptiert wie Daten aus Molekülbibliotheken oder Ausgabedateien von zahlreichen quantenchemischen Programmen (siehe unten).

Jmol ist in den Sprachen Catalanisch, Tschechisch, Niederländisch, Englisch, Estnisch, Französisch, Deutsch, Portugiesisch, Spanisch und Türkisch erhältlich, wobei die Sprachen innerhalb des Programms umgestellt werden können [7].

Unterstützte Dateiformate [8]

  • CIF/mmCIF
  • CML
  • CSF
  • CTFile
  • GAMESS
  • GAUSSIAN 94/98/03 output
  • Ghemical
  • HIN
  • Jaguar
  • MM1GP
  • MOL
  • MOLPRO
  • MOPAC
  • NWCHEM
  • odydata
  • PDB
  • QOUT
  • SDF
  • SHELX
  • SMOL
  • spinput
  • xodydata
  • XYZ
  • XYZ+vib
  • XYZ-FAH

Einzelnachweise

  1. ↑ http://wiki.jmol.org/index.php?title=Jmol_Applet
  2. ↑ http://wiki.jmol.org/index.php?title=Websites_Using_Jmol
  3. ↑ http://wiki.jmol.org/index.php?title=Websites_Using_Jmol
  4. ↑ http://wiki.jmol.org/index.php?title=User:Bduke
  5. ↑ http://wiki.jmol.org/index.php?title=Mouse_Manual
  6. ↑ http://www.3dchem.com/stereoglasses.asp
  7. ↑ http://wiki.jmol.org/index.php?title=Jmol_Application
  8. ↑ http://jmol.sourceforge.net/

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