NCBI-Entrez

Entrez Gene ist eine vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) betriebene Metasuchmaschine, die den zeitgleichen Zugriff auf multiple Datenbanken und damit weitgefächerte Suchen ermöglicht. Weiterhin bietet es eine ganze Reihe von Tools zur Datenanalyse und für spezielle Suchoperationen.

Welche Datenbanken werden vernetzt?

• 3D Domains: Enthält Proteindomänen aus der Entrez Struktur Datenbank.
• Books: Eine wachsende Sammlung von biomedizinischen Büchern, in denen direkt gesucht werden kann.
• Cancer Chromosomes: Ist aus der NCI/NCBI SKY/M-FISH & CGH, der NCI Mitelman Datenbank und der NCI Recurrent Aberrations in Cancer zusammengesetzt.
• Conserved Domains: Datenbank von Proteindomänen. Quelle für diese Daten sind Pfam, Smart und COG.
• GDS: „GEO DataSets“ ist eine Sammlung von Datensätzen aus dem „Gene Expression Omnibus (GEO) repository“.
• Gene: enthält Gene aus RefSeq-Genomen die entweder durch Sequenz, Position im NCBI Map Viewer oder beides identifiziert sind.
• Gensat: Projekt, die Expression von Genen im ZNS der Maus mit in situ Hybridisierungstechniken und über transgene Mäuse zu kartieren.
• Genome: stellt Ansichten von verschiedenen Genomen, komplette Chromosomen, Sequenzkarten und integrierte genetische und physikalische Karten zu Verfügung.
• GEO: dient als öffentliche Datensammlung einer großen Anzahl von high-throughput Experimenten.
• Journals:
• Nucleotide (besteht aus GenBank, RefSeq, PDB):
• OMIA: Datenbank von Genen, Erbkrankheiten und Merkmalen in Tieren (ausgenommen Maus).
• OMIM: Katalog von menschlichen Genen und genetischen Störungen. Die Datenbank enthält Textinformationen, Referenzen und zahlreiche links zu MEDLINE und NCBI Datenbanken.
• Pop Set: Set von DNA-Sequenzen die für die Analyse der evolutionären Verwandtschaftsverhältnisse einer Population zusammengestellt wurden.
• Protein (besteht aus SwissProt, PIR, PRF, PDB):
• PubChem (-BioAssay, -Compounds und -Substance): Stellt Informationen über die biologische Aktivität von kleinen Molekülen zur Verfügung.
• PubMed (wissenschaftliche Literatur):
• PubMed Central (wissenschaftliche Literatur, kostenlos voll zugänglich):
• SNP:
• Structure: die “Molecular Modeling Database” (MMDB) enthält 3D-Strukturen von Makromolekülen, inklusive Proteine und Polynukleotide.
• Taxonomy: enthält die Namen von allen Organismen, die in der NCBI Gendatenbank durch wenigstens eine Nukleotid- oder Proteinsequenz repräsentiert sind.
• Uni Gene: experimentales System zur automatischen Einteilung von GenBank-Sequenzen in ein nichtredundantes System von Genorientierten Clustern.
• Uni STS: Integriert Marker- und Kartierungsdaten von unterschiedlichen öffentlichen Quellen.
• Homologene: Ein System zur automatischen Detektion von Homologien innerhalb von eukaryotischen Gensets.

Wie ist Entrez aufgebaut?

Entrez fasst alle vernetzten Datenbanken unter einer benutzerfreundlichen Oberfläche zusammen. Dabei wählt man nicht die einzelnen Datenbanken, sondern Themengebiete aus, in denen zum Teil mehrere Datenbanken zusammengeschlossen sind. Für jedes dieser Themengebiete existiert eine Suchmaske, welche die Suche in nur diesem Gebiet und den darin enthaltenen Datenbanken ermöglicht. Zu allen Gebieten auf der Hauptseite kann eine Kurzbeschreibung aufgerufen werden, die Auskunft über die unter diesem Punkt zusammengefassten Datenbanken und die darin enthaltenen Daten gibt.

Über die Schaltfläche "Site Map" auf der Hauptseite erhält man Links zu den einzelnen Datenbanken und Entrez Tools.

Wie bedient man Entrez?

Es gibt zwei Möglichkeiten mit Entrez zu suchen:

• allgemeine Suche in allen Datenbanken über die Suchleiste auf der Hauptseite
• spezielle Suche in über einen Themenbereich zusammengefassten Datenbanken

Zur Suche allgemein:

Wie in z. B. auch in Google, können mehrere Suchparameter auf einmal eingegeben werden, die man über boolesche Operatoren wie AND, OR, NOT verbinden kann (es können auch die entsprechenden Zeichen, wie z. B. "&" für "AND" verwendet werden, z. B. "Katz AND VSV" bzw. "Katz & VSV"). Wichtig ist dabei, dass die Operatoren in Großbuchstaben eingegeben werden, die einzelnen Parameter werden dann von links nach rechts abgearbeitet. Gibt man zwischen mehreren Parametern keinen Operator an, so wird automatisch nach allen Einträgen gesucht, die jeden dieser Parameter enthalten (d. h. als Operator wird automatisch AND gewählt, z. B. "Katz VSV"). Die Suchanfragen müssten alle jeweils die gleichen Ergebnisse bringen. Gibt man es jedoch in die Suchleiste auf der Hauptseite ein werden für eine Suche ohne Operatoren in manchen Datenbanken Ergebnisse gefunden, in denen vorher keine Treffer vorlagen. Das liegt daran, dass nicht jede der vernetzten Datenbanken die gleichen Suchkriterien anwendet. Als weitere Operatoren können auch runde Klammern eingesetzt werden. Hier wird zuerst nach dem Ausdruck in der Klammer, dann nach den restlichen Parametern gesucht (z. B. "Katz (1977 OR VSV)"). Das Beispiel sucht Einträge, die entweder '1977' oder 'VSV' enthalten, und aus diesen Treffern all jene, bei denen der Suchparameter zusammen mit 'Katz' vorkommt. Es können auch ganze Sätze gesucht werden, indem sie in Anführungszeichen (z. B. "intrazellulärer Transport") geschrieben werden. Wenn ein Begriff nur teilweise bekannt ist, so lässt sich der Rest durch * ersetzen (z. B. ' Glykopr* ' ).

Weitere Hilfe über Inhalt und Benutzung von Entrez erhält man über die Schaltfläche "Help" neben der Suchleiste und dann einem weiteren Klick auf "More about Entrez" oder über den Link unten. Die Hilfe ist, wie die Seite auch, komplett in Englisch.

Qualität der Ergebnisse

Die Qualität der Ergebnisse ist stark von der verwendeten Datenbank und damit von der gesuchten Information an sich abhängig. Suchanfragen in PubMed Central oder OMIM sind meist qualitativ hochwertig, da den Informationen hier immer ein Paper, im Fall von OMIM sogar ein Buch zu Grunde liegt. Auch Suchanfragen nach Nukleotid- oder Polypeptidsequenzen sind in der Regel sehr gut, da sie auf Daten aus BLAST beruhen, welches ebenfalls vom NCBI betrieben wird. Bei diesen Einträgen sind auch fast immer Querverweise zu den PubMed-Papern, in denen die Ergebnisse veröffentlicht wurden, enthalten und damit gut überprüfbar.

Weblinks

• NCBI-Entrez (englisch)
• Entrez Tools (englisch)
• Entrez Datenmodell (Vernetzung der einzelnen Datenbanken miteinander) (englisch)

Vom Bioinformatik-Harvester unterstützte Datenbanken

NCBI-BLAST | CDART | CDD | Ensembl | Entrez Gene | Flybase | Flymine | Genome-Browser | GeneCard | GFP-cDNA | Google Scholar | GoPubMed | Harvester42 | H-InvDB | HomoloGene | iHOP | IPI | MGI | Mitocheck | OMIM | PolyMeta | PSORT | RGD | Unigene | UniProt | SMART | SOSUI | SOURCE | RZPD | STRING | TAIR | Wikiprofessional | ZFIN |