- Proteindomäne
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Eine Proteindomäne ist ein Bereich innerhalb der Aminosäuresequenz eines Proteins, der aufgrund definierter Eigenschaften von seiner Umgebungssequenz unterschieden werden kann.
Im Allgemeinen werden funktionelle Domänen und strukturelle Domänen definiert:
- Eine funktionelle Domäne wird häufig bestimmt, indem die Aminosäurereste des betrachteten Proteinbereichs gentechnisch ausgetauscht werden. Das Gleichbleiben oder die Abnahme der Funktion (zum Beispiel der katalytischen Aktivität eines Enzyms) gibt einen Hinweis auf die Zuordnung des betreffenden Aminosäurerestes. Es sind Hunderte bis Tausende unterschiedlicher funktioneller Proteindomänen bekannt.
- Strukturelle Domänen sind Bereiche, die eine eigenständige Faltung (Sekundärstruktur) aufweisen. Die Faltung bzw. räumliche Struktur des Peptidabschnitts ist zum Teil in der Peptidsequenz (Primärstruktur) kodiert und wird durch Chaperone unterstützt. Funktionelle und strukturelle Domänen korrelieren häufig, aber nicht notwendigerweise. Nur wenige rein strukturelle Domänen sind charakterisiert, da man an der Proteinfunktion interessiert ist.
Inhaltsverzeichnis
Datenbanken zu Proteindomänen
Pfam
Pfam beinhaltet die Familien von Proteindomänen. Mit Hilfe bekannter Domänen kann der Benutzer über einem Sequenzvergleich in einem unbekannten Protein auf eine ähnlich Funktion oder eine evolutionäre Verwandtschaft schließen.
ProDom
ProDom enthält Proteindomänen, die von Sequenzen aus SWISS-PROT und TrEMBL stammen. Weiterhin kann die Domänenstruktur eines Proteins graphisch dargestellt werden.
SMART
SMART ist die Abkürzung für Simple Modular Architecture Research Tool und ist eine Datenbank über Familien von Proteindomänen. Zu diesen kann der Benutzer Auskunft über Funktion, wichtige Aminosäuren, phylogenetische Entwicklung und der Tertiärstruktur erhalten.
CDD
CDD steht für Conserved Domain Database und ist eine Datenbank, bei der man Domänen und das dazugehörige Sequenzalignment abfragen kann. Die Einträge sind hier aus Pfam, SMART und COG abgeleitet.
HITS
Mit der HITS-Datenbank kann man Proteindomänen abfragen.
InterPro
Über die InterPro sind eine Beschreibung der Funktion der Proteinfamilie, Literaturreferenzen und Querverweise abrufbar. Informationen werden dabei durch Integration verschiedener Datenbanken wie PROSITE, PRINTS, Pfam und ProDom zusammengestellt.
Identifikation von Domänen
2ZIP
Mit Hilfe von 2ZIP lassen sich Vorhersagen über Leucin-Zipper-Domänen machen.
3Dee
Diese Datenbank enthält Definitionen von Proteindomänen.
DALI Domain Dictionary
Das DALI-Wörterbuch der Domänen macht eine automatische Klassifikation von Proteindomänen auf der Basis von Sequenzübereinstimmungen. Mit diesem Wörterbuch kann der Benutzer 3-D-Proteinstrukturen vergleichen und strukturelle Domänen identifizieren, die sich in zwei verschiedenen Proteinen ähneln, obwohl sich die Sequenzen voneinander unterscheiden.
Dieses Wörterbuch wird nicht mehr unterstützt. Hier das Zitat der Betreiber mit dem Link zu einem alternativen Programm: "The DALI service at the EBI will be phased out of use on the 26th Jan 2008. This is an effect of new hardware and technical changes at the EBI. DALI no longer offers the service that was unique in 1996 when it started. An alternative system is available through SSM. This is an interactive procedure and is available on URL http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/."
Protein-Domänen
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