Sequenzpalindrom

Als Palindromische Sequenz wird in der Genetik eine (kurze) doppelsträngige DNA-Sequenz bezeichnet, die auf beiden Strängen in einer Richtung (zum Beispiel 5'-3') die gleiche Basenabfolge zeigt. Folgend ein Beispiel einer palindromischen Sequenz:

5'-GAATTC-3'

3'-CTTAAG-5'

Die meisten der DNA-bindenden und modifizierenden Proteine erkennen kurze palindromische Sequenzen und führen ihre Aktivitäten symmetrisch an beiden Strängen aus. Das oben gezeigte Beispiel ist die Erkennungssequenz für ein bekanntes Restriktionsenzym, EcoRI. EcoRI erkennt diese Sequenz innerhalb eines DNA-Doppelstranges und schneidet beide DNA-Stränge jeweils zwischen den Nukleobasen G(uanin) und A(denin). Das kürzeste Sequenzpalindrom mit einer wichtigen Funktion ist das CpG-Dinukleotid, bedeutend in der epigenetischen DNA-Methylierung von CpG-Inseln.