Shine-Dalgarno-Sequenz

Die Shine-Dalgarno-Sequenz ist eine Sequenz der mRNA bei Prokaryoten, die als Teil der ribosomalen Bindungsstelle (RBS) von den Ribosomen erkannt wird und damit den Startpunkt der Translation markiert. Im Jahre 1975 entdeckten J. Shine und L. Dalgarno die Basenpaarung zwischen mRNA und 16S rRNA bei Prokaryonten.^[1]

Der Sequenzabschnitt auf der mRNA, der komplementär zur 16S rRNA ist, wird als Shine-Dalgarno-Sequenz 5'…AGGAGG…3'bezeichnet. Die Sequenz die auf der 16S rRNA komplementär zur Shine-Dalgarno Sequenz liegt wird mitunter als Anti-Shine-Dalgarno Sequenz bezeichnet. Mittels RNA-Protein-Crosslinking Experimenten wurden die Proteine S1 und S21 als jene bestimmt, die mit dem 3'-Ende der 16S RNA wechselwirken und bei der Initiation der Translation beteiligt sind.^[2]

Die mRNA besitzt vor dem Translationsstartpunkt (Startcodon) eine sogenannte Leader-Sequenz, auch 5'-Nicht-Kodierungsbereich (5'-UTR für 5' untranslated region) genannt. Diese besitzt, anders als früher geglaubt, eine entscheidende Funktion für die Translation: Der Abschnitt, der 4-14 Nukleotide vor dem Startcodon liegt, geht Basenpaarungen mit komplementären Sequenzen am 3'-Ende der 16S rRNA ein und ermöglicht so ein Binden der 30S-Untereinheit des Ribosomen.

Die Länge des komplementären Abschnittes und sein Abstand vom Start-Codon bestimmen die Stabilität des Initiationskomplexes.

Bei Eukaryoten übernimmt die Kozak-Sequenz die Funktion der Shine-Dalgarno-Sequenz.

Einzelnachweise

1. ↑ Shine, J. & Dalgarno, L. (1974): The 3'-terminal sequence of Escherichia coli 16S ribosomal RNA: complementarity to nonsense triplets and ribosome binding sites. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Bd. 71, S. 1342-1346. PMID 4598299 PDF
2. ↑ A.P. Czernilofsky et al., FEBS Lett., Vol 58, pp 281-284, 1975.

Literatur

• Anne Carr-Schmid & Terri Goss Kinzy (2001): Messenger RNA: Interaction with Ribosomes. In: Encyclopedia of Life Sciences. doi:10.1038/npg.els.0000876 (Volltextzugriff)

Weblinks

• ribosomale Bindungsstelle (Grafik)