- Alu-Familie
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Alu-Sequenzen sind eine Familie repetitiver (sich wiederholender) DNA-Sequenzen in Genomen von Primaten[1]. Sie gehören zu den "Short interspersed nucleotide elements" (kurze, verteilte Nukleotidelemente), abgekürzt SINEs. Alu-Sequenzen sind jeweils circa 300 Basenpaare (bp) lang, machen jedoch über 10% des menschlichen Genoms aus[2] (das entspricht einer Kopienanzahl von über 1 Million). Sie sind besonders häufig in den überdurchschnittlich genreichen R-Banden zu finden. Alu-Sequenzen werden durch die RNA-Polymerase III transkribiert, jedoch nicht translatiert, es werden also RNAs gebildet, diese jedoch nicht in Proteine übersetzt.[3]
Die Sequenz wurde 1978 von Catherine M. Houck und Kollegen im Menschen entdeckt.[4] Sie wurde nach dem Restriktionsenzym AluI (aus Arthrobacter luteus) benannt, weil es diesen Abschnitt in zwei Teile auftrennt. Es entsteht ein 170 bp und ein 130 bp-Element.
Inhaltsverzeichnis
Aufbau
Aufbau der DNA
Alu-Sequenzen sind intern dupliziert, das bedeutet, sie besitzen einen 5'-Teil und einen 3'-Teil, die miteinander verwandt (homolog) sind. Dabei beinhaltet der 3'-Teil eine zusätzliche 31 bp lange Sequenz. Jedes Monomer endet stets mit einer an Adenin-Nukleotiden reichen Sequenz. Im 5'-Teil sind 2 Motive zu finden (A-Box und B-Box), die einen RNA-Polymerase-III-Promotor darstellen. Der 3'-Hälfte fehlt die B-Box hat somit keinen Promotor.
Alu-Sequenzen sind im Genom stets von zwei kurzen (7-20 bp) gleich aufgebauten und gleichgerichteten Sequenzen umgeben (‚direct repeats‘). Dies wird als Zeichen dafür gewertet, dass sie noch transposabel sind, also durch Retroposition im Genom vervielfältigt werden können.[5]
Struktur der Alu-RNA
Durch den dimeren Aufbau der DNA ergeben sich bei der RNA ebenfalls zwei ähnlich aufgebaute Strukturen, die durch die adeninreiche Sequenz der 5'-Teils voneinander getrennt sind. In jedem Monomer bilden die RNA-Einzelstränge mit sich selbst Doppelstränge aus, die dann Haarnadel-Formen bilden (‚hair pin‘), nicht passende Paarungen bilden hingegen Schlaufen (‚loops‘) aus. Jedes Monomer bildet am 5'-Ende eine konservierte Region aus, in der die Basen sich zwischen verschiedenen Kopien und auch Arten nur minimal unterscheiden. Das 3'-Ende eines jeden Monomers ist hingegen variabel.[3]
Evolution
Alu-Sequenzen sind Dimere, bestehen also aus zwei sehr ähnlich aufgebauten Einheiten. Die Monomere sind wiederum homolog zu einem Gen für die 7SL-RNA, haben jedoch eine 141 bp lange Deletion im Vergleich zu diesen.
Die 5'-Einheit am Anfang stammt aus einer Monomer-Familie, die als FLAM (‚free left alu monomer‘) bezeichnet wird, die 3'-Einheit aus der FRAM-Familie (‚free right alu monomer‘).[6][7] Bei Nagetieren (B1-Element) und Spitzhörnchen (Tu type II SINE) kommen SINEs vor, die sich von einem Gen für die 7SL-RNA ableiten lassen. Diese sind jedoch stets Monomere und lassen sich von einem gemeinsamen Vorfahren mit der FLAM-Familie ableiten. Die FRAM-Familie findet sich nur in Primaten.[1]
Funktion
Neuere Untersuchungen[3] weisen darauf hin, dass Alu-RNAs unter Hitzeschock-Einfluss an die mRNA-produzierende RNA-Polymerase II und an Promotor-Regionen für proteinkodierende Gene binden und somit die Transkription hemmen.
Quellenangaben
- ↑ a b J. O. Kriegs, G. Churakov, J. Jurka, J. Brosius & J. Schmitz. Evolutionary history of 7SL RNA-derived SINEs in Supraprimates In: Trends in Genetics 23(4)/2007, S. 158-161 [1]
- ↑ M. A. Batzer and P. L. Deininger. Alu Repeats and Human Genomic Diversity. Nature Reviews: Genetics 3: 370-9 (May 2002)
- ↑ a b c P. D. Mariner, R. D. Walters, Ce. A. Espinoza, L. F. Drullinger, S. D. Wagner, J. F. Kugel & J. A. Goodrich: Human Alu RNA is a modular transacting repressor of mRNA transcription during heat shock In: Molecular Cell 29/29. Februar 2008, S. 499–509
- ↑ C. M. Houck, F. P. Rinehart, C. W. Schmid. A ubiquitous family of repeated DNA sequences in the humane genome in: J. Mol. Biol. 132: 289-306 (1979), doi:10.1016/0022-2836(79)90261-4
- ↑ C. W. Schmid & W. R. Jelinek: The Alu family of dispersed repetitive sequences In: Science 216/04. Juni 1982, S. 1065-1070
- ↑ Y. Quentin: Fusion of a free left Alu monomer and a free right Alu monomer at the origin of the Alu family in the primate genomes In: Nucleic Acids Research 20(3)/1992, S. 487-493
- ↑ Y. Quentin: Origin of the Alu family: a family of Alu-like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements in: Nucleic Acids Research 20(13)/1992, S. 3397-3401
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