6-Carboxyfluorescein

Strukturformel
Allgemeines
Name	6-Carboxyfluorescein
Andere Namen	3′,6′-Dihydroxy-1-oxospiro[2-benzofuran- 3,9′-xanthen]-5-carbonsäure (IUPAC) 3′,6′-Dihydroxy-3-oxospiro(isobenzofuran- 1(3H),9′-(9H)xanthen)-6-carbonsäure 6-FAM FLUOS
Summenformel	C21H12O7
CAS-Nummer	3301-79-9
PubChem	76806
Kurzbeschreibung	roter Feststoff [1]
Eigenschaften
Molare Masse	376,32 g·mol−1
Aggregatzustand	fest
Schmelzpunkt	>300 °C[2]
Löslichkeit	löslich in DMF oder DMSO [1]
Sicherheitshinweise
GHS-Gefahrstoffkennzeichnung [2] Achtung H- und P-Sätze H: 315-319-335 EUH: keine EUH-Sätze P: 261-​305+351+338 [2] EU-Gefahrstoffkennzeichnung [2] Reizend (Xi) R- und S-Sätze R: 36/37/38 S: 26-36/37
Soweit möglich und gebräuchlich, werden SI-Einheiten verwendet. Wenn nicht anders vermerkt, gelten die angegebenen Daten bei Standardbedingungen.

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6-Carboxyfluorescein (6-FAM) ist ein Fluoreszenzfarbstoff mit einer Absorptionswellenlänge von 495 nm und einer Emissionswellenlänge von 517 nm^[1]. Er findet Verwendung in der Sequenzierung von Nukleinsäuren und in der Markierung von Nukleotiden.

Die häufig anzutreffende Bezeichnung FAM ist nicht korrekt, trägt aber der Tatsache Rechnung, dass das kommerziell erhältliche Produkt aus den beiden Isomeren 5-FAM und 6-FAM besteht.^[3]

Verwendung

Bei der quantitativen Analyse von Nukleinsäuren mittels Real-Time-PCR wird das Phosphoramidit-Derivat 6-FAM-phosphoramidit eingesetzt. Bei diesem sind neben der Einführung des Phosphoramiditrestes die Hydroxylgruppen von 6-FAM an den Positionen 3' und 6' mit Dimethylpropansäure verestert. Womit sich die Absorptions- und Emissionswellenlängen von 6-FAM-phosphoramidit und 6-Carboxyfluorescein unterscheiden.

Ein weiteres bekanntes Derivat von 6-Carboxyfluorescein ist sein Succinimidylester^[4], das die gleiche Anwendung findet, wie das Phosphoramidit, im Gegensatz zu diesem aber wie 6-FAM eine Absorptionswellenlänge von 495 nm und einer Emissionswellenlänge von 517 nm besitzt.^[5]

Einzelnachweise

1. ↑ ^{a b c} Eintrag im Produktkatalog der Anaspec, Inc., San Jose CA (USA).
2. ↑ ^{a b c d} Datenblatt 6-Carboxyfluorescein bei Sigma-Aldrich, abgerufen am 18. März 2011.
3. ↑ 6-Carboxyfluorescein bei ChemIDplus.
4. ↑ Adamczyk M, Fishpaugh JR, Heuser KJ.: Preparation of succinimidyl and pentafluorophenyl active esters of 5- and 6-carboxyfluorescein, in: Bioconjug. Chem. 1997, 8 (2), 253–255; PMID 9095369.
5. ↑ Eintrag im Produktkatalog der Anaspec, Inc., San Jose CA (USA).

Literatur

• Brandis, J.W. (1999): Dye structure affects Taq DNA polymerase terminator selectivity, in: Nucleic Acids Res. 27(8):1912–1918; PMID 10101201; PDF
• Jordan, J.A., et al. (2001): TaqMan-based detection of Trichomonas vaginalis DNA from female genital specimens, in: J. Clin. Microbiol. 39(11):3819–3822; PMID 11682492; PDF