- Peptidase
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Peptidase —
Enzymklassifikation EC, Kategorie 3.4.-.- Hydrolase Reaktionsart hydrolytische Spaltung Substrat Peptide Produkte Peptide, Aminosäuren Peptidasen (Kurzform vom Peptidbindungshydrolasen) sind Enzyme, die Proteine oder Peptide spalten können. Dabei katalysieren sie die Hydrolyse von Peptidbindungen. Peptidasen werden häufig auch, insbesondere wenn größere Proteine gespalten werden, als Proteasen, Proteinasen oder proteolytische Enzyme bezeichnet.
Inhaltsverzeichnis
Vorkommen und Funktion
Peptidasen sind ubiquitär, d. h. sie kommen in allen Geweben und Zellen aller Organismen vor. Man unterscheidet intrazelluläre und extrazelluläre Peptidasen.
Intrazelluläre Peptidasen übernehmen in zahlreichen Zellkompartimenten verschiedenste Aufgaben. So beteiligen sie sich an der Regulation des Proteingehalts der Zelle:
- Proteine werden nach der Herstellung (siehe Proteinbiosynthese) durch Abspaltung von Peptidfragmenten in den aktiven Zustand überführt.
- Signalpeptidasen spalten Signalpeptide von Proteinen ab und stellen so sicher, dass intrazellulär synthetisierte Proteine an ihren richtigen Einsatzort weiter geleitet werden.
- Peptidasen sind an der Prozessierung von Antigenen beteiligt. Eine wichtige Rolle spielt hier ein großer, aus mehreren Untereinheiten bestehender Peptidasekomplex, das so genannte Proteasom.
- Werden Proteine nicht mehr gebraucht oder sind sie beschädigt, werden sie von Peptidasen in den Lysosomen abgebaut. Alle eukaryotischen Zellen haben zusätzlich ein ATP-abhängiges proteolytisches System, das im Cytosol lokalisiert ist.
Extrazelluläre, sezernierte Peptidasen findet man bei tierischen Organismen vor allem im Verdauungstrakt, wo sie die hydrolytische Spaltung von Nahrungsmitteln katalysieren. Sie werden aber auch in anderen extrazellulären Flüssigkeiten gefunden, wo sie zum Teil hoch spezifische Aufgaben übernehmen, wie zum Beispiel die Peptidasen des Blutgerinnungssystems, des Komplementsystems und des fibrinolytischen Systems.
Peptidasen selbst können durch limitierte Proteolyse (Abtrennung eines Teiles des Moleküls) aktiviert werden. Durch Peptidaseinhibitoren, niedermolekulare Substanzen wie z. B. Pepstatin, Iodacetat oder Phenanthrolin lassen sich Peptidasen in ihrer Funktion hemmen.
Bedeutung der Peptidasen bei der Tumorbildung
Peptidasen spielen eine wichtige Rolle bei der Metastasierung maligner Tumoren. Für die Entstehung von Metastasen bösartiger solider Tumoren ist es notwendig, dass Tumorzellen die Basalmembran, bestehend aus Kollagen (Typ IV), Laminin und Heparinsulfatproteoglykanen, durchwandern. Für deren Überwindung spielen Peptidasen wie die Serinproteinasen, Cathepsin-Proteinasen und Matrixmetalloproteinasen eine essentielle Rolle.
Klassifikation von Peptidasen
EC-Nomenklatur
Peptidasen werden, wie alle anderen Enzyme auch, mit Hilfe der so genannten EC-Systematik in Gruppen eingeteilt. Peptidasen gehören zur Klasse 3 der Hydrolasen und bilden dort die Unterklasse 3.4. Diese ist wiederum in 14 Unter-Unterklassen unterteilt. Grundlage dieser Nomenklatur ist die Art der katalysierten Reaktion sowie des aktiven Zentrums.
Unter-Unterklasse Peptidase-Typ Anzahl der Einträge 3.4.11 Aminopeptidasen 20 3.4.13 Dipeptidasen 11 3.4.14 Dipeptidyl-Peptidasen 8 3.4.15 Peptidyl-Dipeptidasen 3 3.4.16 Serin-Carboxypeptidasen 4 3.4.17 Metallocarboxypeptidasen 19 3.4.18 Cystein-Carboxypeptidasen 1 3.4.19 Omegapeptidasen 11 3.4.21 Serin-Endopeptidasen 77 3.4.22 Cystein-Endopeptidasen 28 3.4.23 Aspartat-Endopeptidasen 34 3.4.24 Metalloendopeptidasen 70 3.4.25 Threonin-Endopeptidasen 1 3.4.99 Endopeptidasen unbekannten Typs 0 Gesamtanzahl 287 Art der katalysierten proteolytischen Reaktion
Da Enzyme unterschiedlichste chemische Reaktionen katalysieren können, ist es folgerichtig sinnvoll, sie anhand dieser Reaktionen zu klassifizieren. Eine erste Einteilung der Peptidasen unter enzymologischen Gesichtspunkten ist die in Exopeptidasen und Endopeptidasen.
Exopeptidasen spalten die Polypeptidkette von den Enden her. Diejenigen, die am N-Terminus agieren, werden je nach abgespaltenem Fragment als Aminopeptidasen (Abspaltung einer einzelnen Aminosäure), Dipeptidyl-Peptidasen (Freisetzung eines Dipeptids) oder Tripeptidyl-Peptidasen (Freisetzung eins Tripeptids) bezeichnet. Am C-Terminus agierende Exopeptidasen setzen einzelne Aminosäuren (Carboxypeptidasen) oder Dipeptide (Peptidyl-Dipeptidasen) frei. Darüber hinaus gibt es Exopeptidasen, die spezifisch Dipeptide spalten (Dipeptidasen) oder endständige substituierte, zyklisierte oder über Isopeptidbindungen verknüpfte Aminosäuren entfernen können (Omega-Peptidasen).
Endopeptidasen spalten meist an sehr spezifischen Stellen innerhalb der Polypeptidkette. Eine zufriedenstellende Klassifizierung anhand der Spezifität ist nicht möglich. Deshalb erfolgt hier die Unterteilung auf Basis des aktiven Zentrums (siehe unten). Die Länge der zu spaltenden Polypeptidkette kann bei Endopeptidasen in einem weiten Bereich variieren. Meist sind Proteine die Substrate. Es gibt jedoch auch eine Untergruppe von Endopeptidasen, die auf kürzere Peptide als Substrat spezialisiert sind (Oligopeptidasen).
Art des aktiven Zentrums (MEROPS)
Die Unterteilung der Peptidasen nach dem EC-System weist Schwächen auf. So werden die zahlreichen Endopeptidasen durch nur sechs Unter-Unterklassen repräsentiert. Verschiedenartige Peptidasen finden sich dabei in der gleichen Gruppe wieder. Der gravierendste Nachteil ist jedoch, dass strukturelle, evolutionäre Gemeinsamkeiten zwischen den einzelnen Enzymen nicht beachtet werden.
Dazu wurde 1993 von Neil D. Rawlings und Alan J. Barett ein neues Klassifikationsschema, genannt MEROPS, eingeführt, das strukturelle Aspekte sowie evolutionäre Verwandtschaftsbeziehungen auf Basis der Aminosäuresequenz berücksichtigt.
Peptidasen haben, wie alle Enzyme, ein aktives Zentrum, das die jeweilige Reaktion – in diesem Fall die Hydrolyse von Peptidbindungen – ermöglicht. Innerhalb dieser Zentren sind einige bzw. Gruppen von Aminosäuren von entscheidender Bedeutung für die Funktionalität. Daher werden Peptidasen in der MEROPS-Datenbank anhand der chemischen Beschaffenheit ihrer katalytischen, aktiven Zentren in sechs Gruppen klassifiziert (siehe nachfolgende Tabelle):
Funktionelle Aminosäure bzw. aktives Zentrum Hauptartikel Beispiel Inhibitor A Asparaginsäure Aspartylproteasen Pepsin, Chymosin, Cathepsin E Pepstatin C Cystein Cysteinproteasen Papain, Cathepsin K, Caspase,Calpain Iodacetat, Iodacetamid, Z-Phe-Phe-diazomethylketon [1] G Glutaminsäure Scytalidoglutamische Peptidase 1,2-Epoxy-3-(p-nitrophenoxy)propan (EPNP) M Metallo (Metallkomplex) Metalloproteasen Thermolysin, Collagenase (bei Wirbeltieren), Carboxypeptidase A u. B EDTA, 1,10-Phenanthrolin S Serin Serinproteasen Chymotrypsin, Plasmin, Thrombin, Trypsin, Granzyme, Kallikrein APMSF, PMSF, AEBSF, Aprotinin, Diisopropylfluorophosphat, α-1-Antitrypsin T Threonin Threonylproteasen Proteasom (Lactacystin) U Unbekannt gpr-Endopeptidase, Prepilin Typ IV Peptidase Keiner der Obengenannten Peptidasen in der Übersicht
Akrosin, Aminopeptidase B, Bromelain, Calpain I, Carboxypeptidase A, Cathepsin A, Cathepsin B, Cathepsin D, Cathepsin E, Cathepsin K, Chymotrypsin, Collagenase, Dipeptidylpeptidase 4, Dispase, Elastase, Faktor IIa, Faktor Xa, Ficin, gpr-Endopeptidase, HIV-Protease, Kallikrein, MBTPS1, Papain, Pepsin, Plasmin, Prepilin Typ IV Peptidase, Prolyl-Oligopeptidase, Proteinase K, Proteasom, Renin, Sekretasen (Alpha-, Beta- und Gamma-Sekretase), Thermolysin, Thrombin, Trypsin, Urokinase
Siehe auch
Quellen
Weblinks
- Peptidase Nomenclature (englisch)
- MEROPS - the peptidase database (englisch)
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